遺伝子バンクの遊雅堂 フリーベットをゲノミクス遊雅堂 フリーベットと地理情報システム遊雅堂 フリーベットと統合して提示するポータルを発見します。
動物の遺伝資源の管理と保存が直面している重要な課題の1つは、20か国にまたがる60を超える動物遺伝子銀行内に保存されている膨大な量の情報の統合と利用可能性です。膨大な量のへのアクセスを提供するために微小生理学的システム: 薬物およびオンラインさまざまな場所、ストレージ形式、言語の遺伝子バンク全体に配布され、新しい概念が必要でした。
この課題への対処は、動物資源プロジェクトのH2020革新的な管理の1つの目的でした（画像）。画像のWebポータルGene BanksおよびCollectionsからの遊雅堂 フリーベットをゲノミクス遊雅堂 フリーベット、地理情報システム遊雅堂 フリーベット、および画像プロジェクトによって生成されたその他の情報を統合します。
実装されたソリューションは、次の4つの要因で構成されています。
- 明確に定義されたメタ遊雅堂 フリーベットルールセットは、さまざまなストレージ形式と言語に由来する多様なコレクション全体で高品質で匹敵する遊雅堂 フリーベットを確保します;
- ジーンバンクマネージャーがヨーロッパ全土のすべてのジーンバンクレコードを統合する共通の遊雅堂 フリーベットプールにジーンバンク遊雅堂 フリーベットを強化、標準化、タグ付け、提出するのを支援する単一のインジェクターツールの開発;
- これらの遊雅堂 フリーベットのアーカイブによって提供される持続可能性ebi biosamplesパブリックアーカイブ;
- オーダーメイド遊雅堂 フリーベットポータル、ジーンバンクメタ遊雅堂 フリーベットと画像内から生成された「OMIC」遊雅堂 フリーベットセットを統合し、他の遺伝子バンクを参照し、食品農業機関（FAO）がホストしているものなどの繁殖遊雅堂 フリーベットベースリソースを参照します。
画像用のバイオサンプルリソースの構築
注入ツールは、画像メタ遊雅堂 フリーベットルールセットに対して検証して標準化された高品質の遊雅堂 フリーベットを保証することにより、遊雅堂 フリーベットをキュレートするWebツールです。このツールは、遊雅堂 フリーベットのブローカーをバイオサンプルに処理し、提出手順の大部分を自動化することにより、ユーザーをさらに支援します。
バイオサンプルでアーカイブされたすべての画像遊雅堂 フリーベットは、すべての画像サンプルとゲノム遊雅堂 フリーベットを単一のインターフェイスに照合する画像遊雅堂 フリーベットポータルを介してコミュニティにも利用できるようになります。目的は、生殖質/DNAコレクションおよび関連ゲノム遊雅堂 フリーベットの品種関連（META）遊雅堂 フリーベットにアクセスするためのユーザーフレンドリーなインターフェイスを提供することです。
画像ポータルは、動物遺伝資源の欧州地域焦点（ERFP）によって管理される長期保存のために公式に認められた全国遺伝子銀行のネットワークである欧州遺伝子銀行ネットワークポータルに密接に接続されています。 Eugenaの目的の1つは、ヨーロッパのEugena Gene Banksの登録簿にアクセスできるようにすることです。
ポータルは現在、32,000件以上のサンプルに対して3か国にアップロードされた情報を表示しており、継続的に改善されています。すべての画像メタ遊雅堂 フリーベットフィールドでの予測テキストベースの検索が使用され、Diversity Browserを使用して分析するために、選択した情報をダウンロードすることもできます。
遊雅堂 フリーベットの悪用
ポータル内では、ユーザーがサンプルの地理的起源を識別/保存するのを支援し、インタラクティブマップを介して個人/母集団の遺伝的パラメーターと生物学的属性を表示するために、地理情報システムツールが含まれています。すべてのタイプの遊雅堂 フリーベットにわたるクエリは、ターゲット検索を促進し、パートナーの遺伝子バンクやコレクションのどこかに存在する関心の遺伝的材料を特定することも期待されています。
これに加えて、遺伝物質の使用を導くインタラクティブなWebインターフェイスが作成されました。これにより、コレクションおよび遺伝子型情報の選択的なダウンロードを、「」と呼ばれるリンクされたRソフトウェアパッケージを使用して活用できます。MOBPS’。このモジュラリー繁殖プログラムシミュレーターは、複雑な繁殖プログラムまたは保全プログラムをシミュレートし、その経済的および遺伝的影響を比較するための計算効率的で柔軟なフレームワークを提供します。
結論として、ポータルは検索ツールと要約統計と分析ツール、およびDAD-ISおよびEugena遊雅堂 フリーベットベースへのリンクを提示します。詳細なドキュメントは、ポータル、共通の遊雅堂 フリーベットプール、インジェクションツールと多様性ブラウザー、ジェノタイプ遊雅堂 フリーベット提出ガイドライン、インポートスクリプトの開発について入手できます。githubWebサイト。
ミシェルティキサー - ボイチャード
画像コーディネーター
inrae
アレッサンドラステラ
遊雅堂 フリーベットポータルを担当するWPリーダー
CNR
michele.boichard@inrae.fr
alessandra.stella@ibba.cnr.it
www.imageh2020.eu
注意してください、この記事は私たちの第2版にも掲載されます新しい四半期出版.
